Современный этап экономического развития промышленных корпораций России, в наибольшей степени относящихся к оборонно-промышленному комплексу и к наукоемкому сектору экономики, протекает в условиях ужесточения конкуренции, сопряженной с глобализацией и последствиями мирового экономического кризиса. Вместе с тем, данные промышленные предприятия переживают масштабные трансформационные преобразования, направленные на обеспечение производства инновационной продукции. В этих условиях обнаружился научно-методологический пробел в части финансово-экономического управления корпоративными структурами. Рассматриваются ключевые проблемы, решение которых может способствовать разработке специализированного организационно-экономического механизма стратегического управления инновационным развитием российских корпораций.